Instituído pelo Decreto nº 10.375, de 26 de maio de 2020, e empossado no dia 21 de outubro de 2020, o Conselho Estratégico cuja presidência fica a cargo da Secretaria de Inovação, Desenvolvimento Rural e Irrigação, do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, é responsável por apoiar o planejamento estratégico e as ações estratégias desenvolvidas para a implementação do programa, assim como, propor iniciativas públicas federais para o desenvolvimento de bioinsumos, tendo como objetivo fortalecer a utilização desses insumos, promovendo uma agricultura e pecuária brasileira mais sustentável. 

O Conselho composto por representantes do setor público e privado tem como objetivos estratégicos propor o marco regulatório, fomentar a ciência, a tecnologia e a inovação, articular instrumentos de crédito, incentivar a implementação de biofábricas, promover a capacitação, formação de competência técnica e gerar conhecimentos e informações qualificadas sobre o desenvolvimento, produção e uso de bioinsumos.