A CNPD surgiu em 1995, sendo a primeira comissão da América Latina sobre o tema criada após a Conferência do Internacional sobre População e Desenvolvimento (CIPD), realizada no Cairo em 1994. A Conferência do Cairo foi um marco histórico, que colocou os direitos humanos no centro da agenda global de população e as pessoas no coração do desenvolvimento.

A Comissão foi extinta em 2019 e reinstituída por meio do Decreto nº 11.966, de 27 de março de 2024,

Em 2025, a CNPD liderou a delegação brasileira que participou ativamente da 58ª sessão da Comissão sobre População e Desenvolvimento da ONU (CPD), cujo tema central foi “Assegurar vidas saudáveis e promover o bem-estar para todas as pessoas, em todas as idades”, assim como destacou-se a interlocução da Delegação Brasileira com outras representações da sociedade civil que acompanhavam as sessões da 58ª CPD e eventos paralelos.